Tuvo en Monseñor Ángel Barbisotti su mentalizador, quien, según el boletín oficial del Vicariato Apostólico de Esmeraldas, llamado APERTURA, del año 1984, en el artículo escrito por el Padre Juan Meloni se expresa que al llegar Moseñor Enrique Bartolucci como nuevo Obispo de Esmeraldas, se entusiasma por la idea de su predecesor y comenta esta iniciativa con el Padre Meloni, quien puso a caminar el proyecto de la Iglesia de Esmeraldas recogiendo las intenciones de Monseñor Ángel Barbisotti, mismas que las había asumido el nuevo Obispo de Esmeraldas Monseñor Bartolucci, y que se concretaban en una opción de educación superior propuesta por la Iglesia de esta provincia a la juventud.

Esta opción era la creación de una universidad pequeña, iniciada con una Facultad de Pedagogía, misma que debía servir para “construir el Reino de Dios en Esmeraldas”. En el mes de septiembre del año 1974, varios sacerdotes interesados en la educación de Esmeraldas se reúnen con el Dr. Gonzalo Cartagenova, para analizar seriamente la posibilidad planteada por el Obispo Bartolucci, y expresan que es factible y necesaria para la evangelización, lo que significa que en esa reunión empezó a tomar fuerza y germinar el nacimiento de la Sede de Esmeraldas de la PUCE.

Según los escritos del P. Meloni, para 1975, la Conferencia Episcopal Ecuatoriana, entrega al Vicariato Apostólico de Esmeraldas el Instituto Normal Superior No. 8, cedido por el Gobierno Nacional a la Iglesia, lo que parecía detener la idea de la creación de la Universidad; pero realmente esta idea no muere.

El P. Meloni comenta que existieron algunos encuentros con los miembros de la Conferencia Episcopal Ecuatoriana, diálogos con el rector de la matriz, hasta que en la segunda mitad del mes de julio de 1980, el Obispo de Esmeraldas presenta oficialmente a Rector de la PUCE el pedido de la creación de la Sede.

El Rector de la PUCE pide mayor documentación que permita fortalecer la iniciativa del Vicariato de Esmeraldas, condición que se cumple el 31 de octubre de 1980, teniendo como resultado que el Consejo Superior diera su aprobación y autorizara la creación de la Sede de Esmeraldas.

En mayo de 1981, se inician oficialmente las clases en la Facultad de Pedagogía, hoy de Educación, de la naciente Sede. Fue la primera unidad académica con una especialidad, Educación Primaria.

Con la presencia del Gran Canciller de la PUCE y otras autoridades de Quito, del Vicariato Apostólico de Esmeraldas, el 5 de junio de 1981, se inaugura solemnemente el primer año académico de la Sede.

A la fecha de su creación, la PUCESE tenía como recursos económicos propios 156.00 sucres (moneda oficial de la época) y funcionaba en un aula del Instituto Normal Superior No. 8, que había cedido en calidad de préstamo. El P. Juan Meloni, Rector del Instituto, también fue encargado del Pro-Rectorado de la naciente Sede y compartía su despacho para las dos instituciones de la Iglesia.

La primera biblioteca de la PUCESE fue donada por los provinciales combonianos de México y España.

Las primeras personas que colaboraron con la naciente Sede fueron: Dr. Juan Meloni Ennas (+), Pro-Rector; Lic. Martha Montenegro, Secretaria General; Lic. Edgar Manuel Loor Villaquirán (+), Decano de la Escuela de Pedagogía; Srta. Marcia Liliana Sánchez Guerrero, Secretaria, Colectora y Bibliotecaria; y como docentes Lic. Luis Ernesto Saltos Martínez, Lic. Uberto Cortez Montato, P. José Vicente Vivero Samaniego, Lic. Ángel Torres Cruz, Lic. Fanny Doroth Paz Salazar.